Преподобный Ефрем родился 20 сентября 1412 года в г. Кашине Тверской губер­нии. В святом крещении назван Евстафием. Отец преподобного, Стефан, был звания купеческого, богобоязненный и нищелюбивый, и ему в благочестии соревновала супруга Анна. Евстафий родился по обету, что если будет у них сын, то посвятят его Богу. И по рождении сына они не только его, но и себя до конца жизни посвятили на служение Богу.

Уже в самом нежном возрасте явил Евстафий свое духовное расположение и, припадая перед иконой Гос­пода и Пречистой Его Матери и слезно моля о дарова­нии разумения Божественных книг, прилагал все ста­рания к изучению грамоты. В юные годы отрок начал вести жизнь постническую, изнуряя тело свое и удаля­ясь от всех детских игр. Служба церковная и чтение священных книг были единственным его занятием. Соблюдал он и должное повиновение родителям, и тогда только, когда увидел, что хотят сочетать его бра­ком, начал помышлять, как бы ему избежать житейских уз.

Много слышал Евстафий об обители Живоначальной Троицы, что близ Калязина на Волге, и туда направил сердечное свое желание. И, испросив дозволения у родителей отлучиться в ближайшую весь по некоему делу, навсегда оставил отчий дом.

Ласково принял его настоятель Калязинского монастыря и, хотя предварил о скор­бном жительстве иноческом, но, провидя в нем избранный сосуд благодати Божией, позволил остаться в обители и велел служить братии. Родители хотели возвратить сына домой, но он сам убедил их оставить мир и принять монашество. И немного времени спустя преставились оба супруга в добром исповедании.

Пробыв в обители три года, Евстафий по чудесному откровению перешел в мона­стырь преподобного Саввы Вишерского (память 1/14 октября) и там в 1437 году принял постриг с именем Ефрем.

Усугубил свой иноческий подвиг сей новый Ефрем, трудясь свыше сил человече­ских, служа всей братии, нося воду и дрова, и еще сверх того ночью изнуряя тело свое, обнажая его до пояса, чтобы сосали кровь комары в сем болотном месте; притом первый являлся в церкви и последний исходил, и в таком послушании провел несколько лет.

Одно лишь его смущало: общая к нему любовь и уважение, и потому просил он игумена Савву отпустить его в пустыню, но не благословил сего начинания опыт­ный старец, опасаясь, чтобы неиспытанный довольно в общежитии, не впал в одиночестве в сети врага, и многие лишатся такого светильника, который может со временем послужить к их спасению. Смиренно повиновался Ефрем и продолжал свой труженический подвиг в обители Вишерской, доколе не созрел духовно для пустыни.

И когда однажды ночью на молитве послышался ему голос, повелевающий удалиться в пустынное место, и утром возвестил о том игумену Савве, прося опять благословить его в пустыню — на сей раз отпустил его Савва, ибо видел на то произволение Божие.

И в 1450 году преподобный Ефрем перешел на озеро Ильмень, к устью реки Веренды и на берегу реки Черной поставил келлию для безмолвных подвигов. Здесь, смиряя «плоти похотные мудрования», изнуряя себя «постом и молитвами» и претерпевая «жестокое житие», преподобный Ефрем пребыл «в пощении многа лета», подражая «древним онем великим отцем, в посте провозсиявшим». И начали к преподобному мало-помалу собираться братия. Первый пришел к нему в пустыню старец по имени Фома, обложенный по всему телу тяжкими веригами, желая у него водвориться с двумя иноками. Не отринул моления блаженный Ефрем, и многие годы оставался при нем подвижник Фома, но не мог однако превзойти подвига самого Ефрема, который в зиму и лето, как бесплотный, ходил в одной разодранной одежде и молитвой отражал злых духов, дерзавших являться ему, доколе именем Христовым не изгнал их навсегда из пустыни.

При умножении братства стали умолять его иноки о принятии на себя священства. Долго уклонялся от сего смиренный Ефрем, но, внимая их просьбе, принял руко­положение в Новгороде от святителя Евфимия († 1458; память 11/24 марта).

Возвратившись из Новгорода, преподобный Ефрем основал храм в честь Богоявле­ния Господня на острове, находившемся в устье реки Веренды. Саном священства не превознесся смиренный; всегда являлся он первый во всех трудах и послушаниях; ходил и в пекарню приготовлять хлебы и просфоры, ибо крепок был силами телесными. Наипаче же заботился о страждущих и болящих, утешая их словом любви. Всех научил он усердной молитве и воздержанию, напоминая обеты иноческие и день судный. После повечерия не было позволено беседовать и переходить из келлии в келлию; Ефрем обходил по ночам весь монастырь и, если заставал беседующих, подавал им слегка знак о своем присутствии; на другой день притчей или прямо обличал виновных, судя по духовному расположению каждого.

Братия однажды роптали на скудность воды, за которой надлежало далеко ходить. Не оскорбился их ропотом блаженный, но только смиренно напомнил, что не он искал их, а сами они пришли к нему в безводную пустыню. Однако, желая удовлетворить братию для удобной доставки монастырю воды, преподобный прокопал в озеро Ильмень проток, от чего обитель получила название Перекопской, или Перекомской. Впоследствии преподобный Ефрем основал каменный храм во имя святителя Николая Чудотворца. Ввиду недостатка искусных строителей он послал к великому князю Василию Иоанновичу несколько иноков с прошением о присылке каменщиков, после чего в 1466 году строительство храма было завершено.

Когда преподобный Ефрем почувствовал близкое свое отшествие к Богу, призвал братию и поучил ее в последний раз богоугодному житию. Преставился преподоб­ный восьмидесяти лет, украшенный постническими сединами, 26 сентября 1492 года, и был погребен в Никольском храме.

В 1509 году из-за частых наводнений, грозивших монастырю разрушением, обитель была перенесена в другое место на берегу озера Ильмень. Явившийся игумену Роману преподобный Ефрем указал место Клинково для расположения обители. На месте погребения преподобного была построена часовня, поскольку все мона­стырские храмы были разобраны. С того дня в монастыре ежегодно совершалась память преподобного Ефрема Перекомского, утвердившаяся окончательно после прославления святого подвижника на Соборе Русской Церкви в 1549 году.

Святая Церковь совершает память преподобному Ефрему Перекомскому 26 сентяб­ря/9 октября — в день преставления, и 16/29 мая — перенесение мощей в новую обитель.