Преподобные Марк, Иона, Васса почитаются как родоначальники Псково-Печерского монастыря, в котором подвизался прп. мученик Корнилий (+1570; память 20 февраля/5 марта).

Точно неизвестно, когда поселились первые монахи-отшельники при ручье Каменце в пещерах горы, которую местные жители называли святой горой. Мо­настырская летопись передает рассказ очевидцев, звероловов из Изборска, по прозвищу Селиши: «Раз пришли мы случайно с отцом на край горы, где ныне церковь Богородицы, и слышим как будто церковное пение; пели стройно, благоговейно, а певцов не видно было, и воздух наполнен был благоуханием фимиама».

Из первых старцев Псково-Печерской обители по имени известен один лишь Марк. О нем свидетельствуется: «Вначале прежде некий старец живяше на потоце Каменце при пещере, егоже неции ловцы видяху у триех камений, ле­жащих над церковию Пресвятой Богородицы пещерною; но о сем известно не могохом обрести, каков бяше старец, и коего рода, или како и откуду в сие место прииде, и колико время поживе, и како скончася».

Второй игумен Печерской обители внес имя старца Марка в монастырский синодик. Преподобный игумен Корнилий (память 20 февраля/5 марта) усомнился в верности этой записи и велел изгладить его имя из синодика. Внезапно он тяжело заболел и получил откровение, что наказан за то, что приказал вычерк­нуть имя преподобного Марка из монастырского диптиха. Испросив прощение слезной молитвой у гроба старца Марка, игумен Корнилий восстановил его святое имя. Когда была выкопана пещерная церковь Успения Пресвятой Богоро­дицы и расширены погребальные пещеры, игумен Дорофей нашел гроб преподоб­ного Марка истлев­шим, а мощи и одежду невредимыми.

В 1472 году крестьянин Иван Дементьев рубил лес на обрыве горы. Одно из сруб­ленных деревьев покатилось вниз, сдирая землю и увлекая за собой другие деревья. Обвал открыл вход в пещеру, над которой была надпись: «Богом здан­ная пещера». (Есть предание о том, что некий юродивый монах Варлаам часто приходил к пещере и стирал эту надпись, но она всякий раз чудесно вос­станавливалась).

На это святое место, намоленное первыми подвижниками, пришел священ­ник Иоанн, по прозвищу «шестник» — переселенец. Он был родом из «Москов­ския страны» и священствовал в Юрьеве (ныне Тарту) в «правоверной церкви, поставленной от пскович» во имя святителя Николая и великомученика Георгия, вместе со священником Исидором, духовно окормляя живших там русских.
В 1470 году отец Иоанн был вынужден бежать с семьей в Псков от преследований немцев-католиков. Узнав о мученической кончине своего товарища (память свя­щенномученика Исидора 8/21 января), Иоанн решил удалиться в новояв­ленную Богом дарован­ную пещеру, чтобы там, на самом рубеже с Ливонией, ос­новать монастырь как оплот Православия.

Вскоре заболела его жена и, приняв монашеский постриг с именем Васса, сконча­лась. Праведность ее была засвидетельствована сразу же после кончины. Ее муж и духовный отец похоронили преподобную Вассу в стене «Богом соз­данной пещеры», но ночью ее гроб был «изставлен из земли невидимою Божиею силою». Отец Иоанн и духовник преподобной Вассы смутились, решив, что это произошло от того, что они не полностью совершили чин отпевания, вторично отпели ее и снова погребли тело, но наутро оно вновь оказалось «на верху земли». Тогда стало ясно, что это — знамение Божие. Гроб преподобной Вассы пос­тавили в пещере с левой стороны. Потрясенный чудом Иоанн принял мо­нашество с именем Иона и стал подвизаться еще усерднее.

Собственноручно ископав пещерную церковь и две келлии на столбах, он стал просить священников Псковского Троицкого собора освятить ее, но те ре­шились не сразу, «ради необычного места». Тогда преподобный Иона
со сми­рением испро­сил благословения у Новгородского архиепископа Феофила.

15 августа 1473 года пещерный храм был освящен в честь Успения Пресвятой Богородицы. При освящении произошло чудо от иконы Успения Пресвятой Бо­городицы — прозрела слепая женщина — «посла Милосердный Бог начало Своих великих даров Пречистою Своею Материю». (Эта икона, которую на­зывают «ста­рой» в отличие от другой чудотворной иконы Успения Пресвятой Богородицы с житием Ее, написанной около 1521 года псковским иконописцем Алексеем Малым, хранится сейчас в алтаре Успенского храма на горнем месте. Икона с житием — храмовая икона пещерной церкви). День освящения пе­щерного храма считается официальной датой основания Псково-Печерского монастыря. Преподобный Иона подвизался в пещерной обители до 1480 года и мирно отошел ко Господу. По смерти на его теле обнаружили кольчатый панцирь, который был повешен над его гробом как свидетель тайных подвигов преподобного, но при набеге немцев он был похищен.

Мощи преподобного Ионы почивают в пещерах рядом с мощами препо­доб­ного старца Марка и преподобной Вассы. Однажды при нападении на монастырь ливонский рыцарь, насмехаясь над святыми мощами, хотел мечом открыть крышку гроба преподобной Вассы, но его опалило исшедшее из гроба святой подвижницы пламя. Следы этого карающего огня до сих пор видны на гробе преподобной Вассы.