Преподобный Пахомий, в миру Иаков, родился в благочестивой семье священника св. Николаевской церкви в городе Владимире Игнатия и жены его Анны, и семи лет «отдан бысть учитися священным книгам», а потому из детства «навык Божест­венному Писанию» и утешением его было как можно чаще посещать храм Божий. Особенно любил он монастырь Рождества Пресвятой Богородицы, где почивали мощи св. благоверного великого князя Александра Невского. После кончины отца своего, с согласия матери, Иаков поступил туда и принял постриг с именем Пахомия. Ему тогда был 21 год. Новоначального инока поручили строгому старцу, который прежде всего научил его полному отречению от своей воли и иноческой сдержанности. Подчинялся он ему беспрекословно. Пахомий безропотно проходил в обители разные послушания (например в пекарне).

В 1352 году Пахомий по просьбе настоятеля был посвящен святителем Алексием, епископом Владимирским (впоследствии Московский митрополит), в диакона, а в 1365 году тем же святителем он был взят из Рождественского монастыря и поставлен игуме­ном Константинопольской обители.

Но, устроив эту обитель, Пахомий из любви к уединению тайно оставил братию и, нашедше в глубоком костромском лесу в двух верстах от селения Нерехты полуостров Сыпаново, отличавшийся своей красотой, решился здесь, на речке Гриденке, устроить пустынную обитель. Преподобный обратился к жителям посада Не­рехты с просьбой поселиться и устроить обитель. Жители Нерехты приняли его с радостью, согласились и приняли посильное участие в устройстве обители, ибо монастыря в этом краю не было. Пахомий написал образ Св. Троицы, и с молебным пением и крестным ходом все пошли в Сыпаново, где и положили основание храма во имя Святой Троицы. Все дружно принялись за работу, и монастырь скоро был закончен.

Строгая благочестивая жизнь Пахомия привлекла к нему многих, которые имели желание поступить в обитель. Для братии преподобный составил устав иноческого жития, по правилу которого никто не должен иметь собственности и всякий обязан питаться трудами своих рук, обрабатывая землю. Монастырь был общежительным, и главным занятием иноков после молитвы должно быть земледелие. Преподобный Пахомий сам пахал, подавая другим пример. Но помня, что монастырь соору­жен был руками мирян, преподобный построил для них за стенами гостиницу, где и принимал их, упокоевал и беседовал с ними.

Перед смертью назначив своим преемником Феодора (пришедшего к нему из Рождественского монастыря), преподобный скончался в 1384 году в глубокой старости со словами: «В руце твои, Господи, предаю дух мой», и был погребен в основанном им Троицком храме. Несметная толпа народа собралась на его погребение. Чудесно освобожденный от обуревания страстей ученик его Иринарх в благодарность написал образ Пахомия, а братия над могилой (по правую сторону алтаря Троицкой церкви) устроили гробницу и в ней поставили икону. В 1675 г., 5 мая, совершилось обретение святых его мощей, которые видели нетленными, и над ними был построен каменный храм во имя его.